16’ncı yüzyıldaki Mercidâbık Savaşı'nda zafer kazanan Halife Yavuz Sultan Selim, Memlükler'i mağlup ederek Urfa'yı Osmanlı İmparatorluğu'nun bir parçası hâline getirdi. Bu durum, Urfa'nın sınırlarını Osmanlı İmparatorluğu'na dahil etti ve onu Diyarbekir Eyaleti'ne bağlı bir sancak olarak belirledi.
1580'li yıllarda, Urfa Sancağı'nın Rakka Beylerbeyiliği'ne bağlandığı belgelenmiştir. Bu değişikliğin sebebinin ise Rakka ve Urfa bölgelerinde ortaya çıkan isyanın, Urfa Sancağı Beyi Sührab'a da sirayet etmesi olduğu düşünülmektedir. Bu isyanın etkisiyle sancak beyliği kaldırılan Urfa, tarihimizde ilk defa Rakka Beylerbeyiliği tarafından yönetilmiştir.
16’ncı yüzyılın sonlarında, şehir Karayazıcı Abdülhalim liderliğindeki Celâlî isyanına karıştı. Ancak, Urfa 1600 yılında yeniden hükümetin kontrolü altına girdi. Sürekli gerginlikler, halkın topraklarını terk etme yolunu seçmesine neden oldu. Geride bıraktığımız yüzyıllar, Urfa tarihi açısından bir stagnasyon dönemini işaret ediyor.
Tarihi belgelere göre, Sultan IV. Murad'ın Bağdat seferi sırasında Şanlıurfa'ya uğradığı ve bir süreliğine kaldığı kaydedilmiştir. Aynı yüzyılda, gezgin yazar Evliya Çelebi'nin Seyahatnamesi'nde, Urfa'nın dört mezhebe göre fetva veren bilgili kadılar tarafından yönetildiğini belirttiği görülüyor.
Urfa, 19’uncu yüzyılın ortalarında Kavalalı Mehmed Ali Paşa'nın oğlu İbrahim Paşa'nın liderliğindeki Mısır ordusu tarafından ele geçirildi. Ancak bu durum kısa sürdü ve Urfa, Birinci Dünya Savaşı'nın sonuna kadar Osmanlı İmparatorluğu tarafından yönetildi.
1866 yılında Halep Vilayeti'ne bağlı olan Urfa, 20’nci yüzyılın başlarında İngiliz ve Fransız işgallerine maruz kaldı. Ancak şehir, 11 Nisan 1920'de yerel milisler tarafından işgalden kurtarıldı ve Cumhuriyet'in ilanından sonra 1924 yılında il statüsüne kavuştu.
Urfa'nın adı, 22 Haziran 1984 tarihinde Resmi Gazete'de yayımlanan 3020 sayılı kanunla Şanlıurfa olarak değiştirildi. 2016 yılında, Şanlıurfa halkı Türk Kurtuluş Savaşı'ndaki gösterdiği kahramanlıktan dolayı TBMM tarafından İstiklal Madalyası ile onurlandırıldı.
